Nonton The Matrix Reloaded, Enam bulan setelah peristiwa yang digambarkan dalam The Matrix, Neo terbukti menjadi pertanda baik bagi manusia yang bebas, karena semakin banyak manusia yang dibebaskan dari matriks dan dibawa ke Zion, satu-satunya benteng Perlawanan. Neo sendiri telah menemukan kekuatan supernya termasuk kecepatan super, kemampuan untuk melihat kode-kode benda-benda di dalam matriks dan tingkat pra-kognisi tertentu. Namun, berita buruk menimpa perlawanan manusia: 250.000 penjaga mesin sedang menggali ke Zion dan akan mencapainya dalam 72 jam. Saat Zion bersiap untuk perang pamungkas, Neo, Morpheus, dan Trinity disarankan oleh Oracle untuk menemukan Pembuat Kunci yang akan membantu mereka mencapai Sumber. Sementara itu, mimpi berulang Neo yang menggambarkan kematian Trinity membuatnya khawatir dan seolah-olah itu belum cukup, Agen Smith entah bagaimana lolos dari penghapusan, menjadi lebih kuat dari sebelumnya, dan telah menetapkan Neo sebagai target berikutnya.